这里有益菌主要指乳酸菌芽孢杆菌EM菌硝化细菌（包括反硝化细菌）以及光合细菌。这些有益菌就是生产常用的微生态制剂。有益菌在渔业生产使用方法上有两种：内服和外泼。在养殖生产中发现虾农在使用有益菌时存在一定的误区，根据生产实践经验，以及南美白对虾高位精养各个阶段摸索出一套自己的使用方法。

虾池经清理冲洗晾晒消毒后，放入新的海水（可为井水）经消毒处理，次日肥水加入藻种，待稍有水色后，加入乳酸菌和硝化细菌EM菌为主的有益菌，由于新入海水，水中致病弧菌等微生物相对较少，此时投入有益菌一方面可起到肥水作用，另一方面则可使有益菌形成优势细菌种群，在施用有益菌的情况下，所获得的藻相也是以有益的藻为主。这样初步获得了菌藻平衡。这种水体对于放苗保苗是相当有利，有利于提高虾苗成活率。

当养殖进行到大约10天左右，由于虾仍处于幼虾期，游泳能力差，不能排污，虾池中开始积累一定数量的残饵和粪便。此时应及时补加芽孢杆菌。此时有益菌应以芽胞杆菌和乳酸菌为主，分解水体中的有机物残饵和粪便。并根据需要经常少量添加新水。注意在养殖前期，除非对虾出现病害征兆，否则不要轻易消毒。 

养殖30天到40天，对虾的活动能力增强，池塘已积累较多的粪便、残饵。此时，应通过中央排污排去底层污水。及时补入新水。由于消毒剂通常对各种微生物都能杀灭，待消毒剂的药性消失后(一般为3天)，其他有害微生物还没有大量繁殖前，应及时补充新的复合有益菌群。有益菌群主要EM菌乳酸菌芽孢杆菌和硝化细菌及反硝化细菌。

EM菌肥水控水，平衡藻相。芽孢菌乳酸菌分解有机物，控制弧菌滋生。硝化细菌及反硝化细菌控制水体亚硝酸盐，防止虾体亚硝酸盐中毒。此时，对虾基本上可以摄食中号饲料，此时除了上述在水中施用复合有益菌群外，还可以在以后全程养殖中拌服乳酸菌，拌服量占本餐投饲量的1－3％。 

养殖达二月后，进入后期，生产上一般采用大排大灌更新池水，在这个时期原则上不再大量外泼有益菌，坚持用菌以少量多次为主，适当补充有益菌群。因为换水频率较大，新加入的有益微生物很难繁殖起来。因此应以内服为乳酸菌以及乳酸菌EM菌的复合菌。投喂量和中期相同。