在鱼病的诊断过程中，要注意现场调查、目检和镜检三者的有机结合,根据经验和检查结果进行综合判断，为鱼病的防治提供科学的依据。在鱼病的检查中还应注意以下几方面的问题：

在进行现场调查时，如果发生暴发性的大批死鱼,一般依“急剧缺氧-农药或工业废水污染-暴发性流行性鱼病-人为投毒”的思路去分析鱼类的死亡原因。

有许多疾病的症状在活的或刚死亡的鱼体上很明显，但死亡过久的鱼，各器官、组织腐烂变质,原来所表现的病症难以辨别。并且寄生在鱼体表或体内的病原体，常会随着鱼的死亡很快消亡。如果病鱼死亡时间较长,病原体往往改变形状，或完全崩解腐烂。因此，检查诊断鱼病时，要求用活的或刚死亡的鱼。

如果鱼体干燥，有些症状会变得不明显，甚至根本无法辨认；寄生在鱼体表的病原体，也会很快死去或崩解，无法诊断。因此，用作检查的病鱼不可让它在空气里干燥,应放在水桶里（最好用原池的水），或用湿布包裹。

当把各个器官取出时，要小心操作，不要把器官的外壁弄破,特别是肠、胆囊等,以防内含物和病原体外流，污染其他器官,影响对疾病诊断的正确性。同时，要小心地把器官分离，分放在解剖盘内或其他干净的器皿内，并保持各个器官的湿润

对某一条鱼，甚至同一条鱼的不同器官接触过的用具，要洗干净后才可在另一条鱼或另一个器官上去操作，这是为了避免解剖工具把病原体从一条鱼带到另一条鱼.或从一种器官带到另一种器官上，避免把病原体寄生部位搞错而影响对鱼病的正确诊断。

在检查过程中，对每个器官要先用肉眼仔细观察，如果发现有病原体，可以用镊子或者解剖针把它分拣出来，放到器皿内，并标明来自于哪一个器官；如果用肉眼无法判定时，可以用镜检；如果镜检仍然无法判定的，应把这部分组织保存起来，以便进一步作病原检查。