藻类是池塘的初级生产者，水体溶氧的主要来源，优质的藻相不仅可以提供充足的溶氧，有效控制池塘有害物质，更是水质稳定的标志。如东地区春季往往出现白天光照强烈，早晚温差大，还伴有阴雨天气。小棚对虾养殖模式具有前期养藻、后期培菌、菌藻并重的养殖特点。而3-4月份是南美白对虾春季投苗和转肝的关键时期，在这个关键时期进行藻相管理也就显得尤为重要。
有害藻为何如此猖獗？
养虾也好、养鱼也好，都饱受有害藻的困扰，有害藻一般有蓝藻、甲藻、裸藻等一些种类。虽然很多资料都指出这些藻类可以作为生物饵料，但是事实经常是弊大于利。那么为何有害藻如此猖獗、屡杀不止呢？例如蓝藻又名“蓝细菌”，具有二氧化碳压缩机制和假空泡结构；甲藻和裸藻则具有鞭毛，可在水中垂直迁移，而且这两类藻有的种类具有眼点，比很多有益藻具有更强的趋光性，因此这两类藻还在动物学中都有自己的一席之地，甲藻俗称“腰鞭毛虫”，而裸藻则被称为“眼虫”，再者，这两类藻可形成孢囊，以在底质中度过恶劣环境，待环境合适又会再度萌发。归结起来，这些有害藻如此难以根治的原因就是它们有独特的生理结构和生态习性，可以迅速在养殖系统中占据优势资源，进而大量繁殖，从而抑制有益藻生长。因此每当遭遇天气突变、消毒等对水环境影响较大的情况后，最先出现的往往是有害藻。

几类常见的有害藻（依次为：蓝藻、裸藻、甲藻）：
蓝藻
蓝藻是水产养殖行业的一大难题，每年一到的高温季节，蓝藻又开始大面积爆发，给水产养殖行业造成了很多困难甚至难以挽回的巨大损失，蓝藻作为一种繁殖十分迅速的藻类原核生物，蓝藻在温度高、气压低的时候容易大量爆发：爆发时常在下风口形成深绿色油漆状油膜，取水仔细观察可以看见水中悬浮针尖大小的绿色颗粒。部分养殖户在蓝藻问题上显得恐慌，不论虾蟹塘自身条件如何，总是想用药物直接把蓝藻赶尽杀绝。
蓝藻指的不是一种藻，而是多种原核藻类的总称，学术上称为蓝藻门，虾蟹塘的蓝藻主要有微囊藻、颤藻、鱼腥藻、项圈藻等，而人们常说的蓝藻爆发是指水体中一种或少数几种蓝藻门中的藻类形成优势物种挤占其他藻类的生存空间。
蓝藻爆发的危害
1、产生有毒物质
危害鱼类和人体的健康蓝藻（主要是微囊藻）会产生毒素（MC），对鱼类肝脏有毒害作用，致使胆囊石化、变硬。人类等高等动物食用后，肝脏易发生癌变。
2、难消化
蓝藻中的不定型群体，表面有厚厚的胶被，鱼类不易消化吸收。据研究，有厚胶被的蓝藻被鱼类摄食后，会破坏鱼肠道的消化酶，使鱼无法消化食物。在微囊藻大量滋生的水体中，鲢、鳙鱼不但不会生长，而且还会消瘦。
3、抑制其它饵料生物生长
微囊藻不但产生有毒物质，而且还会产生抑制其它水生生物生长、繁殖的物质，在微囊藻大量滋生的水体中，其它藻类和浮游动物很少或几乎没有，鱼类没有天然饵料可以食用，处于饥饿状态，不能生长。
4、恶化水质、极易泛塘
蓝藻大量繁殖或死亡后，大量消溶氧，晚上或阴雨天极易造成泛塘死鱼。
5、降低水产品品质
微囊藻会产生土味素，使鱼有土腥味，口感差，降低水产品品质。

甲藻
甲藻一般出现在养殖后期，但因目前周边环境的水源营养过富，有利于甲藻的生长，所以前期肥水不当也会造成甲藻暴长。
甲藻分布范围很广，淡水、半咸水、海水中都有，是天然水体主要的浮游藻类之一。甲藻趋光性强，只生存于养殖水体的中上层，甲藻的色素体呈绿色或棕色，所以甲藻生长的水色也是绿色与棕褐色。
当甲藻等有害藻类暴长，会导致对虾突然减料，甚至不吃料。
有害藻类暴长造成水中缺乏钙镁磷等营养元素，导致对虾甲壳薄、滑，引起鳃丝病变，黄鳃、空肠拉稀，体质弱等亚健康，蜕壳不遂，排塘。
有害藻类暴长导致的对虾体色发绿、绿肝、肠道充水（水肿），瘦身、肠道弯曲，多年的高密度养殖，造成养殖周边的水体累积过多的有机质，或水体悬浮有机物过多，水体富营养化（养殖前期出现甲藻主要是施肥不当造成水体富营养化，后期主要是排换水量不够或管理不当）导致甲藻爆发式的增长繁殖（如夜光藻、裸甲藻等），使水分层，并发出腥臭味，并且致使水中溶解氧急剧下降，导致呼吸器官鳃负担过重，或直接附着在鳃丝上，导致发生病变——出现黄鳃肿鳃等现象，尤其甲藻暴长老化后产生甲藻毒素直接危害肝脏，对鱼虾蟹的健康危害较大。所以一旦甲藻暴长就会出现鳃黄、肠道弯曲、减料这三大应激现象，时间久了还会出现红身肠炎、瘦身、软壳等病症现象，严重时导致鱼虾发病死亡（对虾大多是因为体质亚健康，体质弱、耗氧多加水体亚缺氧共同造成虾无法脱壳而死）。
裸藻
裸藻是池塘中需要有效控制的藻类，多在夏季大量爆发，在水体表面形成水华；裸藻塘容易倒藻，危害养殖品种和水体环境。裸藻具有鞭毛，能够通过运动躲避危险，所以裸藻问题不好处理，在发现裸藻的前期就应该引起重视。裸藻爆发前期：下风口处藻沫多，氨氮、亚硝态氮略有升高，水质混浊，悬浮有机质多。这时就应该开始补充有益藻，调节池塘藻类平衡，避免裸藻爆发。
裸藻危害
裸藻大量繁殖迅速铺盖整个水面，影响空气的融入，并且分解为有机质大量耗氧，致使水下溶解氧很低，致病菌大量繁殖，鱼虾体质极度虚弱，这也是水华盛期不治水，单纯治鱼病，鱼病难治的原因所在，鲢鱼肠道裸藻达到相当数量可能爆发流行鱼病，例如爆发性出血病，肠炎病，消化性疾病，肝胆问题，裸藻对温度突变很敏感，当遇到恶劣天气或环境变化较大时，裸藻比蓝藻更容易突然集体死亡，而发生倒藻现象，裸藻死后，其藻类尸体迅速被分解，不但败坏水质，而且分泌的物质对鱼类产生毒害作用很大，可引起鱼虾泛塘死亡。

放苗期间的藻相管理  
俗话说：好的开始是成功的一半，养殖户通过前期干塘、消毒、培水，水体已经具有了一定的水色，很多养殖户的虾苗也经过了严格的孢子虫检测，准备信心满满的大干一场，结果却在投苗时吃了亏，其中一个原因就是忽略了藻相。笔者在如东地区就遇到一家养殖户送来刚放苗的水样，水体呈现淡绿色，虾苗已经出现活力下降，虾体色变淡等情况，通过显微镜镜检发现该水样是以裸藻（有害藻）为绝对优势种的藻相，裸藻密度达2×105个/升，而且水样检测出的弧菌（副溶血弧菌）含量也同样超标，因此只有选择排塘。
许多养殖户喜欢凭经验、凭感觉，认为水色差不多，也就可以投苗，但水色往往只是反映藻相的其中一个方面。因此建议养殖户最好在放苗前能够送到就近的水产养殖服务部去进行藻相检测，得到技术人员确认后再放苗，这一小小举动也许能保证一造虾的平安无事。
转肝期的藻相管理
转肝期是对虾养殖的一个关键阶段，是虾苗食性从天然饵料转到人工饲料的过程。但该过程易受环境因素的影响。春季天气变化无常，有害藻常会在阴雨之后的晴天大量繁殖，从而造成对虾应激、偷死。其次，由于养殖初期水体较清，缓冲能力较差，藻相很难掌控，所以在早期藻类容易因天气突变而大量死亡，产生的毒素也会对虾苗肝脏发育产生很大影响。因此在转肝期间应该更加注重藻相管理。研究表明，有害藻的滋生除了与温度、光照等条件有关外，还和水体中的碳氮比息息相关，通常来说，无论是蓝藻、甲藻，还是裸藻，高氮环境更有利于其生长，而在高碳氮比情况下，更有利于有益藻生长。
因此建议在对虾转肝期尽量少用无机肥，改用碳源更为丰富的生物肥。每8－10天使用“安进菌霸”，提高碳氮比，可以抑制有害藻生长。另外，每4－6天使用“高活性芽孢杆菌”和“聚能菌素”，补充有益菌稳定水质。如果发现池塘倒藻严重，鉴于许多小棚换水条件有限，底层水无法快速排出虾塘，可以选择“强氧底净”分解底泥有机质，再用“君独消”、“解水铂优”解毒，然后补菌培藻，可收获良好效果。有条件的养殖户则可以选择处理完有害藻之后大量换掉底层水，重新培菌培藻，一方面增大了培水的成功率，另一方面通过换水，也将活力不好或者死虾以及其他有害物质移除养殖系统，有利于整个池塘健康。

对藻相的判断应当加强意识，不论是转水或是倒藻，对对虾来说都是不利的。水色在一定程度上可以反映藻相情况，但是具体问题具体分析，好的水色不一定有好的藻相。
养殖户应养成科学的防控意识，做到预防为主，由于对虾抵抗能力较差，不可轻易杀藻。如果实在需要处理，可同时泼洒“复合VC应激灵”、“解毒应激灵”等药物增强虾体抗应激能力。
由于小棚对虾养殖的特殊性，在进行藻相调控的同时更应该注重菌相的调节，优良的池塘微生态结构不仅有利于增强池塘水体的缓冲能力，降低因环境突变造成的倒藻危害，更有利于对虾生长。