1、藻类毒素
养殖池塘中，微囊藻等蓝藻类、裸（甲）藻，膝沟藻等对养殖危害极大的藻类，死亡后分解产生藻毒素，主要是神经毒素和肝毒素。
神经毒素使养殖动物神经麻痹，导致反应迟钝、痉挛抽搐、呼吸系统麻痹，严重者死亡；肝毒素导致养殖动物肝中毒，引起肝胰脏肿大、萎缩、坏死，肠炎出血等病理症状。
2、微生物毒素
主要是病毒，细菌的内毒素、外毒素和真菌毒素。如黄曲霉素、呕吐毒素等，这些因饲料发霉导致的毒素可以导致肝脏受损。
寄生虫同样可以产生毒素，同样可以间接或直接损伤肝脏。
3、有机物分解出来的有毒物质
有机物分解过程中的有毒有害的中间产物和最终产物：如：氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、组胺、吲哚等。
4、养殖过程中投入品的残留
养殖过程中经常使用的消毒剂、杀虫剂、抗菌药、过量施用化肥等，这些投入品使用后，本身有毒性残留或者本身无毒但与水体的其他物质反应产生新的有毒物质。
这些有毒物质，导致养殖动物肝胰脏功能受损，引起慢性中毒，抵抗力下降，继发感染病毒细菌，甚至死亡。养殖过程中容易产生有毒有害物质的有：氯制剂、重金属，有机磷、菊酯类杀虫剂，抗生素、化学合成药等。
5、环境污染
农业污水(农药、化肥等)、工业污水(重金属、有机溶剂等)、生活污水、各种富营养化水体、空气污染导致的酸雨等有毒有害物质进入养殖池塘，轻则浮头，重则泛塘。
6、营养过剩
养殖户追求高营养饲料，导致养殖动物无法充分吸收饲料营养，导致营养过剩，造成水质污染，蛋白能量比不平衡，脂肪酸败过多的蛋白质转化为脂肪储存，易导致脂肪肝。脂肪酸败导致肝细胞萎缩。
7、pH过高或过低对养殖动物的影响
pH值过高，会腐蚀鳃。过低，会削弱血红蛋白的载氧能力，即使溶氧充足也会表现为浮头。pH值还通过影响其它的环境因子而间接影响养殖动物的生长。
8、其它
在养殖过程中，还有各种各样的未能检测到对养殖动物危害较大的因素。
